Depuis toujours, le but d'Itachi était de protéger son village et son petit frère. Après avoir reçu l'ordre d'éliminer son clan, qui voulait faire un coup d'État et prendre le contrôle de Konoha (ce que les Uchiwa aurait très facilement réussi) puis même du monde ninja, il le massacra intégralement (a l'exception de Sasuke) avec l'aide de Tobi Spoiler :
. Il disparut de Konoha à la fin de cette effroyable soirée après avoir versé quelques larmes. Il se considère d'ailleurs toujours comme un ninja de Konoha malgré sa désertion.

Il dressa volontairement un portrait de lui même très sombre à son frère pour que ce dernier devienne puissant et vienne le tuer un jour. Selon Tobi, Sasuke était aux yeux d'Itachi plus important que le village. Malgré les ordres, même en ayant réussi à se débarrasser de tout sentiment pour tuer ceux qui lui étaient proches pour la paix de Konoha, il ne put se résoudre à tuer son petit frère. Il poussa alors ce dernier à le haïr et à chercher la puissance pour non seulement mourir de la main de son jeune frère afin d'expier sa culpabilité du massacre des Uchiwa, mais aussi par la même occasion, pour que Sasuke venge le clan Uchiwa et passe pour un héros aux yeux de Konoha.

Pendant la quatrième grande guerre ninja, il fut ressuscité par Kabuto Yakushi au moyen de l'Edô Tensei, Itachi fut obligé d'attaquer Naruto et Bee. Néanmoins, il réussit à utiliser le corbeau donné à Naruto pour se libérer de l'emprise de Kabuto en utilisant Koto Amatsukami, la technique ultime en matière de genjutsu mise au point par Shisui Uchiwa dont l'œil gauche fut greffé sur le corbeau. Il révéla alors son plan d'utiliser ce corbeau pour hypnotiser Sasuke et le faire protéger Konoha une fois qu'il se serait fait greffer ses yeux, le corbeau étant attiré par le chakra d'Itachi. Après avoir battu Nagato, il partit ensuite arrêter l'Edô Tensei afin d'aider l'Alliance Shinobi.

Il rencontra Sasuke qui le poursuivi afin de connaitre la vérité sur le massacre du clan Uchiwa de sa bouche mais Itachi considéra que l'arrêt de l'Edô Tensei était une priorité et tenta de semer Sasuke. Il trouva finalement Kabuto grâce à la capacité de Nagato de sentir le chakra et commença un combat contre lui avec Sasuke en échange de la vérité. Malgré la puissance de Kabuto et l'avantage qu'il tirait de la nature, Itachi réussit à lancer Izanami en échange de son œil gauche. Il utilisa le Tsukuyomi sur Kabuto et le fit stopper l'Edô Tensei.
Alors que sa conscience commençait à disparaitre, il utilisa son sharingan pour montrer à Sasuke la vérité issue de sa mémoire. Il annonça avant de disparaitre que quoi qu'il fasse, il l'aimerait éternellement.